バイオ研究室は、アクロイヤーたちの悪徳能力が高まった原因物質を調査するために、地球の微生物や関連化学物質などを研究している施設である。
ミクロマン中央情報室は、本部基地の警備と情報の管理を行っている極めて重要な施設である。ここを失うことは基地防衛だけでなく、これからの戦いにも大きな影響を受けることになる。
東通路は司令室につながる重要な通路の１つである西通路と同じく、最後の防衛線の１つであり敵の侵攻を許してはならない場所と言える。
司令室は、本部基地の心臓部となる施設である。出撃の命令、仲間との交信、警戒や情報の分析を行っている。ここを奪われることは、アクロイヤーとの戦いに負けることを意味する。
室内公園は、ミクロマンの憩いの場である。基地内でも自然が感じられるように、リアルな３Ｄ映像を周囲に映し出す施設だ。アクロイヤーと違い、自然を愛するミクロマンだからこそと言える。
作戦会議室は、出撃するミクロマンが作戦を立てるための施設である。ここのコンピューターを奪われたら、過去の作戦情報が敵に漏れることになる。
廃棄物処理場は、基地内のゴミを処理し、再生できるゴミを分別する施設である。ゴミは自動清掃機で送られて来るので、意外な物がダストシュートから落ちてくることもある。
大気調整施設は、本部基地の大気の状態と温度を一定に保つための施設である。ここの機能が失われると、基地の環境は大きく悪化し、ミクロマンの行動に大きく影響しかねない。
治療室は、ミクロマンの特殊なボディーを治療する施設である。現在も３人の仲間が戦いの深手を癒すため、カプセルの中で眠っている。今ここを敵に破壊されたら、その３人の命も尽きたといえるだろう。
西通路は司令室につながる重要な通路の１つである。ここを通れば本部基地心臓部といえる司令室までほんの目と鼻の先ゆえ、最終防衛線となる場所と言える。
司令室はアクロイヤーの悪事を監視し、世界各地のミクロマンに指示を発している施設である。ここを奪われたら、基地のすべてを失うことと同じだ。負けることが許されない最後の砦である。
光電変換施設は本部基地の電力を供給している施設である。外の受光装置で太陽光エネルギーを吸収し光子エンジンで電力に変換しているのだ。この施設が停止すると本部基地の機能は大きく低下する。
兵器研究室は、武器の改良や新たな兵器の開発を行う施設である。戦力不足を感じたら、室内を探してみるのも手だ。もしかしたら研究中の新兵器や保管していた武器があるかもしれない。
廃棄物処理場は、基地内のゴミを管理し、処理する施設である。燃えるゴミは焼却され熱は基地で発生した他の熱とともに、外へ放出している。
浮遊ラフトは、大きく開けた隔離区において、機器の点検修理に使う反重力装置を組込んだ台である。現在この浮遊ラフトを並べるとコンピューター区への侵入路を作れるという防衛上の問題が挙げられている。
エントランスブリッジは、本部基地の頭脳といえるコンピューター区に入るための橋である。この橋を奪われると、メインコンピューター室への敵の侵入を容易にし、その防衛が難しくなってしまう。
